מבנה הכנסייה מורכב על 8 עמודים המחוברים ל- 4 יסודות.
חברת ליפסקר התקינה בכל אחד מן היסודות 24 עוגנים אנכיים קבועים DUPLEX לעומק 16 מ' עם הרחבת לחץ בקצה (שיטת ליפסקר), וכל זה בתנאי קרקע קשים של אבני בזלת, חרסית ומים.

בנוסף לכך, ביצעה החברה את כל עבודות הבטון הדרוך באתר, שכללו: רתימת העמודים אל היסודות באמצעות מוטות DYWIDAG במישור האנכי ודריכת קורות הגג המרחף במישור האופקי. בעבודה זו העוגנים והיסודות בוצעו 7 שנים לפני תחילת הבניה לגובה, ובמשך 7 השנים האלה ערך מוסד הטכניון למחקר ופיתוח מעקב אחר שקיעת היסודות ובדיקת עומס משתייר. עם התקדמות הבניה והפעלת עומס המבנה על היסודות, הופחת העומס בעוגנים בהתאם למשקל הנוסף של המבנה.